Канон Септуагинты отличается от канона еврейской Библии. В Септуагинту вошло много книг, являющихся внешними по отношению к еврейскому канону. Причиной таких различий является более свободное в сравнении с раввинистическим иудаизмом Эрец Исраэль отношение к термину «канон». Канон Септуагинты сложился в еврейской диаспоре Александрии, где она была написана. Евреи Александрии с величайшим почтением относились ко всему написанному на иврите или на арамейском языке в Эрец Исраэль. По одной из теорий канон Септуагинты был каноном иудеев Александрии и результатом развития библии иудеев Эрец Исраэль, бывшей принятой в Александрии. По другой — Александрийский канон пришел непосредственно из Эрец Исраэль, а собственно еврейский канон образовался путем отсечения ряда книг. Другое отличие Септуагинты заключается в расположении книг, расположении, в котором эти книги представлены по литературным жанрам – сначала исторические книги, затем пророческие книги, литература мудрости, духовная поэзия. При таком подходе нет смысла разделять Библию на Пророков и Писания, так как Эзра, Нехемия, Хроники имеют жанровое сходство с книгами Самуила и Царей (историография), а книга Даниила с Пророками. В соответствии с этим в Септуагинте после книги Царей идут книга Хроник, Эзра и Нехемия. Книга Руфь идет после Судей, Плач Иеремии – после собственно книги Иеремии, но перед посланием Иеремии. Характерно, что книги Торы и Ранних Пророков занимают в Септуагинте тоже место, что и в еврейской Библии.